在连绵不断的大山里，有一个小小的穷村子，龙子太郎和他的佬佬就住在这里。龙子太郎的腋下各有三块鱼鳞，大家都说是龙鳞，这孩子就是龙的孩子。
龙子太郎在姥姥的照顾下无拘无束地生在世，每日都要带着姥姥给他的饭团到山上和小植物们一路分享，一路玩耍。有一日，他熟悉了会吹笛子的阿娅，两人很快成为最好的朋友，天天在山上晤面。太郎和小植物们最爱听阿娅吹《十只小猪(porket)》，这是阿娅自己做的曲子。
姥姥年老体弱，有天干活不小心从山上摔下来，伤得很重。她感觉自己这次是捱不已往了，就含着泪讲起了龙子太郎的身世：
龙子太郎的妈妈名叫龙，是姥姥的独生闺女(daughter)。太郎的爸爸是个樵夫，上山打柴时不幸摔死了。从此，龙只好自己跟村里人去打柴。事先她正怀着太郎，大家就让她在山谷里做饭。突然之间之间之间间大雨倾盆，远方传来山崩地裂般的巨响。雨停后，人们发现龙不见了，龙做饭的地方变成为一个大水塘。姥姥连夜寻来，在她的呼唤招呼声中，水塘里真的浮出了一条龙，龙流着泪说：“妈妈，总有一日我会说明我为什么会这样的。等我生下孩子，您一定帮我抚养长大。”姥姥惊呆了，但她依然含泪答应了。
三个月后，姥姥看到河上漂来一个用树枝编成的大篮子，里面躺着一个可爱的婴儿。他的嘴里吮吸着一块水晶球样的东西，身上还裹着一件短外衣。姥姥一眼就认出那是闺女的衣服，她抱着婴儿放声大哭。龙子太郎没奶吃，就一向靠吮吸那个水晶球活命。几个月后，水晶球吃完了，姥姥只好背着太郎来到水塘边呼唤招呼龙。龙出来了，她紧闭着双眼，成为瞎子。她说：“妈妈，这里另有一个球，用完了就到了断奶的时候。”说完，它把这个水晶球放到了儿子的手里。“你的眼睛怎么瞎了?莫非这球是……”不等妈妈问完，龙就潜入到深深的水底去了。
三年后一个风雨交加的晚上，电闪雷鸣，空中传来龙的声音：“妈妈，我要去遥远的北方湖了，等太郎长大之后找我吧。”
龙子太郎长大后，得知妈妈还在世，要马上去寻找。就在这时，山上传来阿娅被爱敲鼓的红鬼抓走的新闻，他决定先救阿娅再去找妈妈。于是，他带着饭团和妈妈用过的梳子出发了。在小植物们的帮助下，龙子太郎见到天狗，并喝下天狗的三杯酒，成为一个大力士。
他来到红鬼居住的洞里，一把抓住他扔了起来，一下两下……直扔得红鬼不能动弹。“是把你扔到河里，依然扔到阎王那里呢?”龙子太郎问红鬼。红鬼请求太郎把他扔到天空上，因为他想拜雷公为师，龙子太郎答应了。红鬼感激太郎的宽大，通知他阿娅已经被黑鬼夺走，而且透露了黑鬼转变的秘密。
龙子太郎把红鬼扔上天后，循着《十只小野猪》的笛声找到了阿娅。阿娅通知他，黑鬼控制着这一带的水源，每年都要人们献一个姑娘。龙子太郎决定为民除害，他找到了黑鬼，黑鬼提出斗法定输赢。第一场比吃豆子，阿娅炒了一锅小石子给黑鬼，炒了一锅泡过的豆子给太郎，黑鬼吃不动，太郎很快吃完，太郎得胜。第二场比摔跤，两人扭在一路难分胜败，太郎突然之间之间之间发现黑鬼的肚脐眼大得像个通风口，就照准一拳打已往，黑鬼泄了气，这一场黑鬼又输了。黑鬼气得变成一头阴险的大野猪向龙子太郎扑已往，龙子太郎照着红鬼教的咒语变成一只小蜜蜂(bee)，专蜇野猪的鼻子、耳朵和眼睛。野猪痛得乱滚乱跑，一会儿从悬崖摔下去，变成为一块黑鬼模样的黑岩石。
龙子太郎最终得胜，阿娅得救了。山下的村民得到这个好新闻，都来看他们，太郎把从黑鬼那儿得到的金银金银财宝一切分给了村民。还给阿娅一匹小白马和一面小镜子。让阿娅骑着白马回故乡，自己独自上路寻找妈妈。
龙子太郎来到一个大财主家打听龙的新闻。财主的妻子说她家的湖里就有条龙，不过太郎必须在他们家打工干活。太郎赞成了。白天，太郎一个人干几百人的活，晚上便到湖边去召唤妈妈。可是湖里一片幽静，太郎伤心得抱膝痛哭，手上的饭团子不小心掉到湖里。不一会儿，一条大白蛇(snake)浮了上来，它说：“我在这儿住了几百年，从来没有人给我吃过东西。”为了感谢龙子太郎，它让太郎去找北方的山大妈，说会从山大妈那儿得到聪明的。
龙子太郎帮财主收割完稻子，预备离去。贪心的地主婆只准太郎背一捆稻子作为工钱，可是她没想到太朗把割下的稻子一切打成为一捆，像背座小山似地背走了。地主婆哭着喊着追了三天三夜，也只从太郎背的稻山上抓到三根稻草。太郎翻过一座座大山，把稻子分给人们。山上的人们叹息着说，要是能把龙住的那个湖填平，造成良田，该多好啊!龙子太郎听得坐立不安。
龙子太郎又翻过了九座大山，在一间竹叶小屋里找到了正在纺线的山大妈。他按照山大妈的指点闯过了恶狼(wolf)关和蜘蛛(spider)关后，又日夜兼程，之后精疲力竭跌倒在地，被深深地埋在了鹅毛大雪下面。就在这危急关头，阿娅骑着小白马赶来了，她和小白马拚命地扒开雪，救出了龙子太郎。原来阿娅是通太小镜子看到龙子太郎倒在雪地的。
小白马把他们带到一个开阔的湖边，龙子太郎拚命地召唤着妈妈，嗓子都喊出了血，湖面上却连个小波浪都没有。阿娅吹起了笛子，许多鱼儿都游过来听悠美的笛声。阿娅吹完一曲，太郎把木梳丢进湖里，对鱼儿们说：“你们哪位能帮忙通知湖底的龙，就说我龙子太郎来了。”一条小鲤鱼(carp)自告奋勇衔着木梳沉入湖底。只见湖水一阵翻腾，射出道道金光，龙浮了出来。龙子太郎抱着龙放声痛哭：“妈妈，你为我弄瞎了眼睛，我再也不离开你了。”
龙怀着愧疚的心情报告了她变成龙的经过。
那年龙在山下做饭，正怀着龙子太郎，她畏惧咽下难吃的糠米团子，影响肚子里的孩子发育，就独自吃掉了河里仅有的三条嘉鱼。按照当地的端正，吃了三条嘉鱼的人是不能留在这个世界上的，她就这样变成为一条龙，藏在污泥里自责。
听完妈妈的故事，龙子太郎喊道：“要是那时有许多鱼和香喷喷的米饭团子多好啊。”他想到故乡的穷山沟，鼓起勇气说：“您能把这个湖给我吗?我想挖山放水……”龙听了有些犹豫。为了找到这个湖，她历尽了艰辛，如果离开这儿，她还能活吗?可是又一想，当初就是因为只考虑自己和孩子才变成为龙，现在就当是一个赎罪的机会吧。于是她抬起头刚强地说：“好的，孩子，妈妈帮你!”
龙子太郎骑在龙妈妈的身上，乘着汹涌的波浪向山峰一次次撞去，直撞得龙遍体鳞伤。阿娅也用笛子召来许多小植物，大家各尽所能。最终连爱打鼓的红鬼也赶来了，他现在已经当上了雷公的徒弟。他聚集了上百个雷公的徒弟，用雷电向大山劈去……
山终于削平了，湖水流到了海里，那儿成为一个大平原，劈山填湖造田的念头终于实现了。龙子太郎抱着奄奄一息的龙妈妈哭了起来：“妈妈，谁说您是因为自私才变成成龙的!世界上再都没有比您更无私的人了!”他的泪水滴进了龙的眼睛。突然之间之间之间一道白光，龙一会儿变成为温柔的女子，睁开了紧闭的双眼，这正是龙子太郎的妈妈。
秋天来了，在这片崭新的土地上，金黄的稻子成熟了，人们为龙子太郎和阿娅举行了隆重的婚礼。姥姥和各地穷山村的人们都搬了过来，从此大家都过着幸福的生活。